Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Islam Al- Azhar mulai diselenggarakan pada tahun 2004 berdasarkan Ijin Operasional Dirjen Dikti No. 2100/D/T/2004, tanggal 17 Juni 2004

Kemudian diperpanjang oleh Dirjen Dikti No 3239/D/T/2006, tanggal 1 September 2006 sampai dengan tahun 2010. SK Ijin Penyelenggaraan No. 1913/D/T/K-VIII/2010 tanggal 24 Mei 2010 berlaku sampai 1 September 2014