Program Studi Pendidikan Dokter Universitas Islam Al-Azhar mulai diselenggarakan pada tahun 2004 berdasarkan Ijin Operasional Dirjen Dikti No. 2100/D/T/2004, tanggal 17 Juni 2004, yang kemudian diperpanjang oleh Dirjen Dikti No 3239/D/T/2006, tanggal 1 September 2006 sampai dengan tahun 2010. SK Ijin Penyelenggaraan No. 1913/D/T/K-VIII/2010 tanggal 24 Mei 2010 berlaku sampai 1 September 2014. Pada tahun 2008 telah terakreditasi yang pertama dengan nilai C berdasarkan keputusan BAN-PT Nomor : 029/BAN-PT/Ak-XI/S1/XI/2008 tanggal 13 Nopember 2008. Dan telah diperpanjang pada tanggal 3 Agustus 2013. Fakultas Kedoteran Universitas Islam Al-Azhar Mataram telah melaksanakan inovasi pendidikan menggunakan pendekatan student centered learning dengan implementasi strategi pembelajaran Problem-based Learning (PBL). Sejak tahun akademik 2007/2008 FK UNIZAR telah melaksanakan pendidikan dokter berdasarkan KBK (Kurikulum Berbasis Kompetensi) sesuai Standar Pendidikan Profesi Dokter yang diterapkan oleh Konsil Kedokteran Indonesia.